Όταν ένα φυτό, ένα ζώο, το έδαφος κ.λπ. εκτίθεται σε φυτοπροστατευτικό προϊόν ή υποβάλλεται σε επεξεργασία με φυτοπροστατευτικό προϊόν, οι ουσίες προσλαμβάνονται και μεταβολίζονται (“πέπτονται”) από το βιολογικό σύστημα. Επομένως, τα υπολείμματα ενός προϊόντος σε ένα βιολογικό σύστημα μπορεί να μην προέρχονται μόνο από την ίδια την ουσία αλλά και από διάφορα άλλα προϊόντα διάσπασης γνωστά ως μεταβολίτες.

Το glyphosate έχει έναν μοναδικό συνδυασμό ιδιοτήτων που του επιτρέπει να συνδέεται ισχυρά με το έδαφος, καθιστώντας απίθανο να ξεπλυθεί στα υπόγεια ύδατα. Αποικοδομείται σε φυσικές ουσίες όπως το διοξείδιο του άνθρακα, το άζωτο και τα φωσφορικά άλατα.

Για να εκτιμηθεί επιστημονικά αυτή η υποβάθμιση, διεξάγονται μελέτες μεταβολισμού.